Le conseil de surveillance est une des instances de gouvernance de l'Agence régionale de santé. Le décret 2010-337 du 31 mars 2010 en définit sa composition et son fonctionnement.

Il a pour missions d’approuver le budget de l’Agence, d’émettre un avis sur le Plan stratégique régional de santé (PSRS), le contrat pluriannuel d’objectifs et de moyens (CPOM) et sur les résultats de l’action de l’Agence. Il doit également approuver le compte financier.

Présidé par Nacer MEDDAH, Préfet de la région Franche-Comté, il est composé de 30 autres membres.

La séance d'installation qui s'est déroulée le 30 juin a donné l'occasion à Sylvie MANSION, Directrice générale de l'ARS, de rappeler les missions et l'organisation de l'Agence ainsi que les principaux chantiers en cours. Jean-Yves MARANDET, Chef des services financier et comptable, a présenté le budget primitif de l'Agence tel qu'arrêté au journal officiel.